Die Beisheim Capital GmbH verwaltet gemeinsam mit der Beisheim Management GmbH, beide mit Sitz in Düsseldorf, das Vermögen der deutschen Stiftung. Die Organisationsstruktur sieht eine klare Trennung der gemeinnützigen Tätigkeiten auf Ebene der Prof. Otto Beisheim Stiftung und der Beisheim Assets gGmbH von den vermögensverwaltenden Tätigkeiten auf Ebene der Beisheim Capital GmbH/ Beisheim Management GmbH und den Investmentgesellschaften vor.
Die Beisheim Stiftung hat über die Beisheim Assets gGmbH ein Investitionskomitee eingerichtet, das die Beisheim Capital GmbH bei der Definition und Überprüfung der Anlagestrategie und bei Investitionsentscheidungen unterstützt.